1. Можно ли объединить выделенные области, полученные в результате применения различных инструментов выделения?

Можно последовательно объединять (или добавлять) области выделения на изображении. Для этого удерживаем клавишу Shift и, выбрав нужное выделение - на панели инструментов, добавляем (выделяем) ещё области выделения.

2. Как снять выделение только с части выделенной области?

Удерживая клавишу Alt, захватить используя нужный инструмент выделения, часть выделенной области, выделение снимется с этой области.

3. Можно ли использовать инструменты выделения для создания фигур с целью их последующей заливки?

Да, можно.